Een Bemer produceert nagenoeg altijd hetzelfde signaal, het zogenaamde Bemer signaal. Dit is ontwikkeld door Prof. Dr. Wolf A. Kafka in 1998. Hierbij loopt de frequentie op van 0 tot ongeveer 1200 Hz, waarbij ook de amplitude (sterkte) toeneemt. Dit hele signaal duurt 0,033 seconden en wordt 30 keer per seconde herhaald, dus met een frequentie van 30 Hz. Dit is hierdoor ook de dominante frequentie in het Bemer signaal en dit is te horen als de typische "ratel". In alle Bemer systemen wordt elke 2 minuten de stroomrichting in de spoelen omgedraaid waardoor het magneetveld wordt omgekeerd. Dit is te horen als een "klik".
In 2007 is daar het "plus" signaal aan toegevoegd. Dit is precies hetzelfde signaal, wat elke 20 seconden wat luider wordt afgespeeld. Het idee hierbij is dat dit in de pas loopt met een normaal functionerende vasomotie in de pre-capillaire arteriolen.
Sinds 2010 wordt het signaal uit 1998 ook op 1/3 de van de snelheid afgespeeld. Binnen elke 2 minuten wordt het signaal ongeveer 2/3de van de tijd met 30Hz afgespeeld en ongeveer 1/3de van de tijd met 10Hz. Dat resulteert er in dat de dominante frequenties 30 en 10 Hz zijn. Bij het slaapprogramma wordt alleen van de 10 Hz op intensiteit 2 gebruik gemaakt.
De maximale veldsterktes zijn afhankelijk van de gebruikte applicator. Bij de B.Body (de mat) is dat tot 35 micro-Tesla en bij de intensief apllicatoren tot 105 micro-Tesla.